A partir del maig del mateix any, la nova entitat subroga el personal de l’activitat d’Aguts de l’Hospital de Sant Llàtzer i deixa novament la Fundació en la seva condició residencial i socio-sanitària, amb llits residencials, llarga estada, convalescència i pal·liatius, amb contractes directes de l’ Institut Català d’Assistència i Servies Socials (ICASS), i amb la seva pròpia estructura directiva i assistencial.
Com a resultat de la segregació d’Aguts, es decideix que el gerent d’ambdues entitats sigui el mateix, no així la gestió directiva. En aquell moment el gerent que va viure la segregació i que va dur a terme la gestió fins al 1996 fou el Dr. Joan Costa i Roma.
A partir d’aquell any se separa la gestió de les dues entitats i assumeix la gerència de la Fundació Sant Llàtzer (FSLL) la Sra. Noemí Barja.
El 2004, i en virtut d’un conveni, es reactiva la gestió des del Consorci Sanitari de Terrassa (CST) i es vincula la gerència i l’equip directiu a la FSLL per tal de garantir el contínuum assistencial dels pacients i oferir a la ciutat una institució que doni una atenció integral a la població.
Seguint aquesta visió, el 2006 tots els contractes que té la FSLL amb l’ICASS i el CatSalut són subrogats per al CST, així com la totalitat del seu personal. D’aquesta manera, la FSLL passa a ser una Fundació amb l’objectiu de reactivar la seva funció social i utilitzar el seu patrimoni per a tal finalitat.
Durant el període del 2004 al 2013, és gerent de la FSLL el Dr. Pere Vallribera.
El 17 de juny del 2016, la gestió de la FSLL torna a desvincular-se de la del CST, atès que les necessitats de gestió de l’una i de l’altra requereixen ritmes diferents.
No així la col·laboració nada d’ambdues entitats, que segueixen cooperant estretament en temes de salut, sobretot els vinculats a la docència, recerca i innovació.
